軍隊內部則是使用伊羅巴式，設有尉級和校級等軍官，由於人手不足，士兵都是身兼水手與陸軍的角色，上船是水手，下船是歩卒。艦隊下設戦隊，每戦隊五至十艘艦不等。陸軍則是依排、連、營、團等分編。一排五十多人，叁排構成一連，如此類推。
之所以會如此，主要是若用邪馬臺式的獨立層層效忠，可能會尾大不掉，時生叛亂。用神州國的衛所制，則是以十十編制組成，一個指揮十個。為求效率與靈活所以在陸軍才所用伊羅巴的叁叁制。其造法主要是依從莉亞娜黛的藏書記載，還有最初被她奴役控制的不列顛下級軍官所講述。
除一般兵力之外，不計負責夥食的竈仙軍，每個作戦單位都必定設有忍者。負責偵察與反偵察，還有潛入破壞等工作。
整個組織架構，從上而下，是作為首領的癸，負擔他近身與保镖工作的梨花和成美。
軍師青霭及替她出謀獻策，研究和分析情報的策謀閣。手下為第二代，全由女性繼承上代名字的真田十勇士之一的海野六郎，往昔是幸惠的助手，以及從軍中挑選出來，聰慧有學識的女兵。制服是翠綠色神州國宮裝打扮，但手腕及小腿為透明翠綠薄紗。
其下直屬於青霭的是由幸惠所統率的五間組。語出孫子兵法的五間，其工作自然是情報刺探與反制各種勢力可能潛入的間諜。輔助幸惠的是包括小西歌夜和小西沙由香等六位真田十勇士，各種忍者等達數百之多。並無設定制服。
預定在攻佔天涯海角後，建立並由幽鳳主理的奇器淫械城，莉亞娜黛的魔淫城，還有癒身館。奇器淫械，是被愚傢認為奇技淫巧並無大用的工藝技術，專責研究生產兵器、火炮、艦船，以及將來建造各式建築和要塞碉堡等。
魔淫城，則是供莉亞娜黛關押奴隸，治養魔獸，研究魔法之用。城雖然還沒建，但莉亞娜黛有獨立的人手，究竟有多少人，連青霭都不知道。但制服則為十四門徒會認定，邪惡的魔女一定會穿的灰色長披肩，內裡則一切自由。可是有時大風吹來，莉亞娜黛助手的長披肩下，往往是一絲不掛的。雖然這披肩很沒有品味，隻顯得神秘可怕，但卻是癸最常留意的，特別是在海風強勁之時。
癒身館。癸少數最重視的旗下組織，脅迫利誘來的大夫和醫生等全都在這裡，還有淩雲燕等護士。
當時，軍隊幾乎從不注重醫學，即使是設有醫院騎士和銀十字會等伊羅巴國傢。所謂醫院，實際上和讓負傷者等死的地方差不多。軍伍之中，病死的人是最多的，遠超在陣上直接戦死的人數。（看精彩成人小说上《小黄书》：https://xchina.site）
花費巨大去成立這樣一個機構，可以說是對用錢收買人命，要對方替自己出生入死的癸，小小的一點心意。大夫及醫生可自由穿着，護士穿的則統一為伊羅巴式輕便白長裙，護士頭飾及背後白式大蝴蝶。不過在後宮眾芳之間有個未經證實的謠傳，就是這隻是癸想在莊嚴聖潔的醫院內，大乾特乾那些年輕貌美，青春活潑的女護士。尤其是用顔射去沾汙少女護士的容顔。
對此癸是百詞莫辯。一個小偷慣犯，要想證明他並沒有拾遺不報，根本是怎說也沒人相信。
作為軍中最具戦力的單位，則是挑選精英組成的旗艦，上岸時組成海盜皇近衛營，預定擴編成團。全女兵組成的此部隊，士兵均擁有忍者級的實力，很多成員甚至是原屬豐臣傢的忍者。服裝為銀色邪馬臺式輕甲，下穿紅色衣服，大腿裸露，僅貼身軀。相當香艷的一種打扮。
皇龍神威軍。雖然掛軍的稱號，但不是真的有一個軍那麼多。到底怎算，癸手下也未滿叁萬人。這是直屬的，由覓十兵衛指揮的火槍火炮部隊。實戦時，視乎情形去調配。制服和海盜皇近衛營相同，但加繡上槍炮圖案。至於圖案設計，則是莉亞娜黛的精心傑作。
與皇龍神威軍同性質的特殊部隊。還有維月和星河的翱翔戦隊，灰影和白武的猛獸戦隊，黑白和由碧濤協助的鯨豚戦隊。
由數百頭各種不同的鷹和海鷗組成，翱翔戦隊擔組偵察和制空的重任。在環宇之內，隻有極少數軍隊有配備少量的鷹，而信鴿通信使軍隊配備不少鴿子。但是有維月和星河等羽民出任指揮，特別是星河變身後的巨鳥型態。隻要不是遇上魔界戦士。癸大可以相信，他的海盜軍團總能先發現敵人，麵對人類對手，制空權更必定會落在他手上。
灰影和白武的猛獸戦隊，是以過千的狼為基層成員，再加上這段期間，捕獲、購入和繁殖得來的近百頭獅、虎和豹組成。還配置有身型矮小的女兵作騎士。是一支反騎兵的可怕部隊。
這部隊最大的問題就是補給，猛獸們一天要吃上過百頭的牛羊，要維持穩定的供應，得要飼養過萬頭牛羊。而這以目前的財政狀況，自然是不可能的。不過莉亞娜黛提出一個讓聽到的人都會為之顫栗的解決方法。以敵人為糧食，以這部隊的實力，每天殺上數百人隻是等閒之事，隻要讓猛獸們把屍體吃了，那不用花一分錢就，就解決飼養費的問題了。
當莉亞娜黛提出來時，實在是舉座陣驚，連青霭也變了臉色。每天殺百餘名敵人並不出奇，戦爭之中，殺人成千上萬是常事。可是……用人肉喂猛獸的話。
對此莉亞娜黛隻是冷笑道：“用子彈、刀劍、滾油和毒藥去殺人，你們可以接受，為何不能接受用牙齒和爪去殺人。殺人是一定的了，不然我們還叫海盜嗎？反正屍體也沒有用的，用屍體去滿足猛獸，可以救到羊、鹿、兔等草食動物一命，這不好嗎？不要太人類本位主義。人可以食動物，動物為何不可以食人。”
像莉亞娜黛這種反人類的異端觀念，雖然大傢不能接受。但現實的解決問題，隻有如此了。因此猛獸戦隊是遠離思明島，在盟友鄭傢軍的最前線迎撃新金國軍隊的。還準備了俘虜，供遠征天涯海角補給時使用。
俘虜自然是女真人和效力新金國的炎黃族士兵。
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